5  推奨パッケージ

この章では、一般的な疫学業務に役立つ R パッケージをいくつか紹介します。以下のコードをコピーし実行すると、コード内に含まれているパッケージすべてが CRAN からインストールされ、現在使用中の R セッションで使用するために読み込まれます。 すでにパッケージがインストールされている場合は、パッケージの読み込みのみ行われます。

以下のコード内に不要なパッケージがある場合は、#記号をパッケージ名の前につけることで、そのパッケージを除外することができます。

注意点:

このハンドブックを制作する際に使用された R、RStudio、R パッケージのバージョンは、 編集前記・技術注記 の章に記載されています。

5.1 CRAN のパッケージ

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# 疫学業務に役立つRパッケージの一覧      #
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# 本スクリプトは pacman R パッケージの p_load() を使用する。
# p_load() は、まだインストールされていないパッケージをインストール・読み込み、すでにインストールされているパッケージは読み込みのみ行われる。


# pacman パッケージがインストールされていることを確認する
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")


# CRAN から入手可能なパッケージ
##############################
pacman::p_load(
     
     # Rを学ぶ
     ############
     learnr,   # R Studio チュートリアル画面でRをインタラクティブに学ぶ
     swirl,    # Rコンソールでインタラクティブに学ぶ
        
     # プロジェクトとファイルの管理
     #############################
     here,     # Rのプロジェクトフォルダを基準とするファイルパス
     rio,      # 様々なタイプのデータのインポート・エクスポート
     openxlsx, # 複数のシートを有するExcelファイルのインポート・エクスポート 
     
     # パッケージのインストールと管理
     ################################
     pacman,   # パッケージのインストール・読み込み
     renv,     # グループで作業する際のパッケージのバージョン管理
     remotes,  # githubからのインストール
     
     # 一般的なデータ管理
     #########################
     tidyverse,    # データを整理して表示するための多くのパッケージが含まれる
          #dplyr,      # データ管理
          #tidyr,      # データ管理
          #ggplot2,    # データのグラフ化
          #stringr,    # 文字列や文字の操作
          #forcats,    # 因子を扱う 
          #lubridate,  # 日付を扱う
          #purrr       # 反復処理とリストの操作
     linelist,     # ラインリストの整理
     naniar,       # 欠損値の評価
     
     # 統計  
     ############
     janitor,      # 表とデータの整理
     gtsummary,    # 記述的および統計的表の作成
     rstatix,      # 統計的検定と要約の実行
     broom,        # 回帰結果の整理
     lmtest,       # 尤度比検定
     easystats,
          # parameters, # 回帰結果整理のための代替パッケージ
          # see,        # フォレストプロット作成のための代替パッケージ
     
     # 疫学モデリング
     ###################
     epicontacts,  # 伝播ネットワークの分析
     EpiNow2,      # Rtの推定
     EpiEstim,     # Rtの推定
     projections,  # 発生率の予測
     incidence2,   # 流行曲線（エピカーブ）の作成と発生データの処理
     i2extras,     # incident2パッケージの追加関数
     epitrix,      # 有用な疫学関数
     distcrete,    # 離散遅延分布
     
     
     # 図 - 一般
     #################
     #ggplot2,         # tidyverseパッケージに含まれる
     cowplot,          # 図を組み合わせる  
     # patchwork,      # 図を組み合わせる (代替パッケージ)     
     RColorBrewer,     # カラースケール
     ggnewscale,       # 配色レイヤーの追加

     
     # 図 - 特定のタイプ
     ########################
     DiagrammeR,       # DOT言語を使用した図
     incidence2,       # 流行曲線（エピカーブ）
     gghighlight,      # データの一部をハイライトする
     ggrepel,          # ラベルの重なりを防ぐ
     plotly,           # インタラクティブな図を作成する
     gganimate,        # アニメーションを作成する

     
     # 地理情報システム(GIS)
     ######
     sf,               # SimpleFeature形式を使用して空間データを管理する
     tmap,             # シンプルな地図の作成（動的・静的地図の両方で機能）
     OpenStreetMap,    # ggplotマップにOSMベースマップを追加する
     spdep,            # 空間統計 
     
     # 文書の作成
     #################
     rmarkdown,        # PDF、Word文書、パワーポイント、およびHTMLファイルの作成
     reportfactory,    # Rマークダウンアウトプットの自動整理
     officer,          # パワーポイント
     
     # ダッシュボード
     ############
     flexdashboard,    # Rマークダウンスクリプトをダッシュボードに変換する
     shiny,            # インタラクティブなウェブアプリ
     
     # プレゼンテーション用の表の作成
     #########################
     knitr,            # RマークダウンレポートとHTML表の作成
     flextable,        # HTML 表
     #DT,              # HTML 表 (代替パッケージ)
     #gt,              # HTML 表 (代替パッケージ)
     #huxtable,        # HTML 表 (代替パッケージ) 
     
     # 系統学
     ###############
     ggtree,           # 系統樹の作成とアノテーション
     ape,              # 系統発生と進化の分析
     treeio            # 系統発生ファイルの描画
 
)

5.2 Github のパッケージ

以下は、2つのパッケージを Github リポジトリから直接インストールするためのコードです。

  • epicontacts パッケージの開発バージョンには、時間軸 x に沿った伝播状況を表す図（伝播ツリー）を作成する関数が含まれています。
  • epirhandbook パッケージには、このハンドブックで使用されているすべてのデータが含まれており、ハンドブックのオフラインバージョンをダウンロードするために使用できます。
# Githubからダウンロードするパッケージ（CRANからはダウンロード不可）
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# epicontacts の開発バージョン（時間軸xの伝播チェーン）
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")

# このハンドブックで使用されるデータが含まれるパッケージ 
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")